数字证书不能自动更新，重新安装后提示SSL不安全

系统环境阿里云debian8
vps上一共有3个网站，都开启了ssl，其中两个证书昨天到期，早上打开网站就不能访问了，提示不安全的链接，重启Nginx，有一个带有证书链接地址的链接，具体忘记了。另外一个由于是刚开通没多久，所以还正常着了。
今天上午有时间，打算把PHP升级到7.1，所以整个系统就重新做了，做好系统后重新添加了三个网站，添加的时候开启了ssl，结果三个网站全部提示ssl不安全，证书过期。
如何破？