请教，证书和证书链分别替换哪个文件？

/usr/local/nginx/conf/ssl/www.example.com.crt #通常第三方文件名字是.pem结尾，重命名即可
/usr/local/nginx/conf/ssl/www.example.com.key

两个文件都是 .crt 结尾的，一个是 domain.crt，另一个是 bundle.crt。具体分别替换哪个呢？

先自己查看下 domain.crt中是否包含了 bundle.crt内容，如果没有包含，请合并成一个cat bundle.crt >> omain.crt (注意domain.crt里面内容放在最终合成crt的第一行)